関ヶ原の戦いの直前に、会津の上杉景勝の陰謀をいちはやく徳川家康に知らせた功績により、常陸国高萩地方に領地替えされることとなりました。
　江戸時代初頭、竜子山城を改築し「松岡城」と改め、近世大名の城として整備しました。
　それから２０年後、出羽国最上・村山郡（山形県）に国替えを命ぜられ、新庄藩祖として明治初年まで１１代２５０年にわたってこの地方を治めました。

農家の生まれですが、学問の才能が認められて６代水戸藩主治保（はるもり）の侍講（教師）となりました。

帰国後は、東京大学植物学教室の２代目教授・小石川植物園初代園長となり、「ソメイヨシノ」や「ワサビ」など、１８０種類以上の植物に学名をつけました。